次世代高速シーケンサーの解析コストとか日本の出遅れ具合とか

最近うちの会社にも高速シーケンサーの引き合いが結構来ていて、
私は直接関与してないんだけれど、今年の新入社員が情報集めをさせられていたりする。
仕事の合間に後輩がネットで調べ物をしているところを後ろからのぞいてみたら、うちのブログのエントリを基点にしていたもんだから、思わず「ちょｗｗｗおまｗｗｗｗ」と噴出しそうになった。
とりあえずうちのブログはお客さんも見ている可能性があるので、ネタ元がばれない様に丸写しは控えるように＞後輩君

まあそれは話がそれるので脇に置く。
前回のエントリでは高速シーケンサーの解析コスト面についてはあまり突っ込んだことを書いていなかったので、そこんとこもう少し補足しておこうかと。
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オラクル通信：ライフサイエンス事業におけるIT活用とは？

ネットをうろついていて、こんなものを見つけました。
オラクルが定期発行している「オラクル通信」という技術情報誌です。
この中で2002年から数年にわたって連載されていた「ライフサイエンス事業におけるIT活用とは？」というシリーズが非常に良くまとまっていたので、個人的なメモも兼ねて一覧にまとめておきます。
バイオインフォ者は必見。
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バイオインフォマティクス技術者認定試験受験案内

先月紹介したバイオインフォマティクス技術者認定試験の申し込みが、先週から開始されています。

申込窓口はこちら。
平成19年度バイオインフォマティクス技術者認定試験 受験申し込み


この資格は今年の春に廃止されたBICERTの後継的な資格です。
今現在バイオインフォマティクスの資格というとこれくらいしか存在しないので、いっちょ受けてみるかと私もこの前申し込みを行ってきました。
難易度は、あまりインフォマティクスに触れないバイオ系の人が何も勉強せずに受けたら多分落ちるというくらい。
ちゃんと勉強しておけば、楽勝とは言わないまでもまあ落ちないだろうと。
私も恥を晒さず済むようちょっと勉強して臨もうと思います。
試験は11月25日。
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バイオインフォマティクス技術者認定試験

今年の春にBICERTが潰れて以来、バイオインフォマティクスに関する資格は無くなっていたのですが、これじゃいかんということで日本バイオインフォマティクス学会が新たに資格を作ったようです。
申込方法の詳細が出たらまた改めて取り上げますが、とりあえずアナウンスしておきます。
資格を持っているからと言って特に何かあるわけじゃありませんが、私も知識試しに受けてみようかな？

Japanese Society for Bioinfomatics - H19バイオインフォマティクス技術者認定試験

（１）試験名称
　日本バイオインフォマティクス学会（ＪＳＢｉ）
　バイオインフォマティクス技術者認定試験
（２）協賛
　情報計算化学生物学会（ＣＢＩ）
　日本医療情報学会（ＪＡＭＩ）
（３）試験日／受験資格／受験料
　□試験日：平成１９年１１月２５日（日）
　□受験資格：受験資格は問いません。
　□受験料：５,０００円（消費税込）

（４）試験会場
　全国４都市（４会場）
　　札幌：北海道大学
　　東京：東京医科歯科大学
　　大阪：大阪ハイテクノロジー専門学校
　　福岡：九州大学
　　※会場は、予告なく変更されることがあります。ご了承ください。
（５）試験方法
　分子生物学、情報科学、バイオインフォマティクスの各分野における基礎的な知識と理解度を測ります。
　□試験時間：１３時３０分〜１５時３０分（１２０分）
　□解答方法：４者択一式
　□出題数 　：８０問

（６）受験申し込み
　平成１９年９月１８ 日（火）〜１０月２６日（金）１６時
　詳しい受験申し込み方法は、９月初旬に当ホームページに掲載いたします。

BioInformaticianを目指す人の為に〜３．バイオインフォマティクス業界の人余り問題を考える

もう3ヶ月以上前の話になりますが、日立製作所のライフサイエンス事業部が今年3月に解散され、バイオインフォマティクス業界に少なからぬ衝撃が走りました。
同時期には三井情報開発傘下のXanagenも解散しており、この二件のニュースはバイオインフォ業界の伸び悩みを象徴付けるものと業界では受け止められました。
出だしからして暗い話ですが、この上さらにバイオインフォ業界は、近い将来に必ず爆発する時限爆弾を抱えていたりもします。

＃といっても爆発の影響を受けるのは就職希望の学生ですが

バイオインフォマティクス系の学生さんには、将来に関わってくる問題なので、是非続きを読んでください。
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BioInformaticsの今後の方向性の一つとして

Bioinformaticsの市場は現在完全にバイオ研究市場に依存する形になっている。
今後の成長のためにはバイオ市場そのものが大きくなってパイの取り分が増える事を期待するか、バイオ研究がよりITに依存する形になっていくよう仕向けるか、あるいは自分で新たな市場を作っていくしかない。

自分達で市場を切り開いていく事を選択した場合、当然その最大のターゲットは一般人になるわけで、このニュースのネタは一般向けのバイオインフォマティクスソリューションの一つの方向性としてかなり有望だ。
DNA解析と家系図作成をセットにしている辺りよく分かってる。
日本でもどこかやらないかな？
ドラゴンとかなら人もハードもそろっているし簡単に出来そうなんだが。

ITmedia News：オンラインDNA鑑定で自分のルーツを追跡

オンライン家系情報サイトがDNA鑑定研究所と提携、ネットで自分のルーツが追跡可能になる。
2007年06月19日 09時08分 更新

　オンライン家系情報サイト「Ancestry.com」の親会社米Generations Networkは6月18日、DNA鑑定研究所米Sorenson Genomicsとの提携を発表した。これにより簡単なテスト結果をオンラインのデータベースと照合、自分のルーツが追跡できるようになる。

　Ancestry.comの登録ユーザーは1400万人を超え、過去12カ月で200万人以上の人々が同サイトで家系図を作成した。同サイトの保有するデータベースは2万4000以上。Sorenson Genomicsは2001年から系図学者に遺伝子鑑定ソリューションを提供、家系図作成を支援している。

◆関連記事
・幻影随想: Genomic Era ―ゲノム情報の時代―

研究者向け論文ソーシャルブックマークサイト

研究者向けのソーシャルブックマークツールがこの春できていたことを知ったので、このブログでも紹介してみる。

Sesameトップページ

正直やられた感で一杯だ。
私も去年入社してちょっと経った頃に、かなり似たコンセプトの企画を提案した事があるんだよな。
残念ながら会社は興味を示してくれなかったけど。
あの時もうちょっと強く主張しておけば良かったか？

概念自体は誰でも思いつけるようなもので、いつか誰かが作るのは分かりきっていたが…
悔しいが同じ構想にたどり着いた同志としてはエールを送っておかねばなるまい。
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BioInformaticianを目指す人の為に〜２．バイオインフォマティクス主要企業一覧〜

前回からかなり間が空いてしまいましたが、シリーズ二回目。
今回は日本のバイオインフォマティクス産業の企業紹介を行ってみます。
こういうまとまった情報はほとんど無いので、多少はお役に立てるのではないかと思います。
私も就活しているときに大分苦労しましたから。
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BioInformaticianを目指す人の為に〜１．方向性を決めよう〜

去年の10月頃だったかな？
M2の院生だと名乗る人から
「バイオインフォマティクスの仕事に就きたいので相談に乗って欲しい」
という趣旨のメールを貰った事がありました。

内心「今から？半年前なら何とかなったものを」と思わないでも無かったのですが、承諾の旨の返事を「就職の前にこれだけは考えといた方がいいよ」という簡単なメモ書きと共に送りました。
残念な事にその人は以後音沙汰が無く、私もその事をすっかり忘れていたのですが、
最近入社面接で学生がちょくちょく会社に訪ねて来るようになったためにその時のことを思い出しました。

考えてみればこういう情報はあまりないので、この機会にエントリを書いておけば誰かの役に立つ事もあるでしょう。
バイオインフォマティクスの中の人が見たら「何を当たり前のことを」と思う事ばかりでしょうが、私自身が学生のときを振り返ってみても結構知らなかったことがありますしね。
何か「こういう情報が欲しい」というのがあればコメント欄にでもリクエストを投げていただければ、手の空いたときに対応します。
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