2006年10月13日

動物の同性愛行動

動物にもホモセクシャルが存在するということを知っているだろうか?
無論自然淘汰の関係上マイノリティではあるが、ホモセクシュアルは多くの生物種に普遍的に見られるのである。
人間は言うまでもなく、サルやチンパンジーなどの類人猿、イルカやクジラ、イヌ、ネコなどなど。
哺乳類だけではない。オウムやペンギンなどの鳥類にも、果ては昆虫にすら同性愛行動は存在する。
既に知られているものだけでも、実に1500種もの生物種に同性愛行動が確認されているのだ。
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2006年08月19日

コンビニおにぎりを発酵させて酒にする

もやしもんの1巻(Amazon)を読んでいて思い出したのだが、
学部生の頃に一度おにぎりを発酵させて酒にした事がある。
狙ってやったわけじゃなく、うっかり事故で出来たんだけどね。続きを読む
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2006年01月29日

サンプルが謎のナノバクテリアに汚染されました

謎のナノバクテリアにサンプルをやられました。
修論の追い込み中だってのにマジ勘弁orz。
nanobacteria.jpg
中央のでかい桿菌が私の使っている菌です。
丸いちっこいのがコンタミ菌。

直径100〜200nm程度のとても小さい菌体で、
プレーティングしても自分の菌しか出てこないから汚染に気がつかなかった。
どうも培地にコンタミしていたようだがかといって培地が濁るわけでもなし
私の菌と一緒になった時だけ増えるようだ。
まさか絶対共生菌とかじゃ無いよな?

ナノバクテリアは以前このブログで取り上げたことがあったが、
まさか自分が関わることになるとは思いもよらなかった。
ナノバクテリアなんて嫌いだ。
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2005年11月19日

10分で分かる韓国の生命倫理問題

前エントリでも少し触れた韓国で起きている生命倫理問題に関して、
調べてみたことを簡単にまとめてみようと思う。
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posted by 黒影 at 04:20 | Comment(5) | TrackBack(8) | バイオトピックス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年10月27日

理研CDBカードゲーム「Embry 王」

何だこのやたらと高いクオリティはw
理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター(理研CDB)
Embry 王  理研CDBゲームカード
(via Motoの茶室 (Moto's tea room):ポスドク的カードゲーム!

0506_03-pic01.jpg理研CDBでは、色々な細胞や生物の発生過程、ハエの変異体などについて楽しく学べる子供向けのゲームカードをつくりました。30枚1セットのゲームカードで、それぞれのカードに振られた数字やマークで競い合います。

このゲームカードは、研究所の一般公開や学会などで配布してきましたが、この度、ホームページ上にデータを公開いたしました。非営利・教育目的に限り、これらのデータを無料にてご利用いただけます。



理研にも遊び心の判る人がいるんだなw
超グッジョブw
うちのブログでも紹介させて貰おう。
CBIMG008.png
posted by 黒影 at 16:35 | Comment(0) | TrackBack(5) | バイオトピックス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2005年06月17日

進化のアルゴリズム

一応この記事から続く流れになります。
進化論に関しての通行人氏へのお答え


進化は偶然ではない
というと誤解を招きそうで言葉の使い方が難しいのですが
確率的な偶然と自然淘汰の間には天と地ほどの開きがあります。
どうも通行人さんはここのところを誤解されているようです。
盲目の時計職人」にちょうどいい文章があるので引用しておこうと思います。
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2005年05月17日

スペインの貴婦人

1918年、世界はとてつもない規模の疫病の流行に見舞われた。
1918年3月、第一次世界大戦中、西部戦線で発生したインフルエンザは仏独両軍に多数の死者を出し、
4月中にはフランス全土を席巻、スペインにも飛び火した。
強力な感染力を持ったこのインフルエンザは止まるところを知らずその後も猛烈な勢いで広がり、
6月には全ヨーロッパに広まり海を挟んだイギリスも災禍を免れることは出来なかった。
この年の夏には中国、西アフリカにまで疫病は広がり、
英語圏の人間はこれを"Spanish Lady"(スペインの貴婦人)と呼んで恐れた。

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2005年05月06日

アミノ酸

人体の構成要素の内、6割近くが水分であることはよく知られている。
それでは残りの4割は一体なんだろうか?
答えはタンパク質とミネラル(骨など)、脂肪だ。
タンパク質は人体の構成要素の実に2割近くを占めているのである。(残りがミネラルと脂肪)

皮膚、髪、爪など体の構成要素の大部分はタンパク質でできている。
性質も外観もまったく違うこれらの体組織も、分子レベルで見た場合大差ないのである。続きを読む
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2005年04月13日

LAMP法

ただいまLAMP法の勉強中。

LAMP法とは、Loop-mediated Isothermal Amplification の略で
サーマルサイクラーを必要としない簡易DNA増幅法です。

6つの領域を認識する4種類のプライマーを用いるため高い特異性を持ち
しかも増幅効率も非常に高いので今後普及しそうな方法なんですが
プライマーの設計が面倒なのと、産物が特殊なので用途を選びそうなのが難点。

でもこの方法を使えば面白いことが出来そうな予感。
素人でも簡単に使えるキットが色々と作れそう。

◆関連リンク
LAMP法 連載セミナー
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2005年03月15日

アラインメント編集ツール

*バイオ業界の人で無いと分かりにくい話かも。
バイオインフォマティックス(生物情報工学)のツールの一つにClustalXというソフトがあります。
複数のDNAシークエンスを比較して違いを解析したりするツールで
最近は毎日のようにこのソフトを使っているのですが、操作性が悪くてストレスがたまるなぁと。

日本語名のフォルダにアクセスするとエラーが出るし
アラインメントの直接編集もプリントも出来ないしで結構不満があるわけです。

ネットを探してみたけれどいいツールを見つける事が出来なかったので
いっそアラインメント編集ツールを自分で作ってみようかと思い立ちました。
(フリーのいいツールをご存知の方おられたら教えて下さい)続きを読む
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2005年01月31日

耐塩性植物の開発に成功

死海のラン藻から耐塩植物 名城大教授らが開発成功
名城大総合研究所の高倍昭洋教授は名古屋大や島津製作所の研究グループと共同で、死海に生育するラン藻の遺伝子を用いて、塩分の高い土壌でも生育可能な植物の開発に成功、31日までに米科学アカデミー紀要(電子版)に掲載された。

死海は塩濃度が20%を超える非常に塩っ辛い湖です。
あまりの塩濃度の高さに高等生物は生きる事が出来ません。
しかしそんな環境にも様々な微生物が生息しています。続きを読む
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2004年12月23日

SNPs

◆SNP(s)(Single Nucleotide Polymorphism(s))
SNP(s)とは、一塩基多型の略でスニップ(ス)と読み、遺伝子の1塩基レベルでの個体差を意味する。

これだけだと何のことか分からないのでもう少し分かりやすく説明しよう。


ヒトの遺伝子に一人一人個人差があるのは誰もが知っていると思う。
たった数塩基のDNA配列上の違いは、その遺伝子の設計する酵素の働きや発現量を変え
さらにそれが個々人の生化学的な性質の違いにまで発展する。
これがSNPsの意味するものだ。

最も有名な例がアルコールに対する耐性の違いだろう。
ヒトがアルコールを摂取すると、
 アルコール
  ↓       2・CH3CH2OH + O2 →2・CH3CHO + 2・H2O
 アセトアルデヒド
  ↓       2・CH3CHO + O2 →2・CH3COOH
 酢酸

の順に代謝されていく。
アルコールをアセトアルデヒドに酸化する酵素をアルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)
アセトアルデヒドを酢酸に酸化する酵素をアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH)と呼ぶ。

この代謝経路の中間代謝産物となるアセトアルデヒドは
シックハウスの原因物質ともされているくらいでかなりの有毒物質だ。
アルコールに弱い人は、このアセトアルデヒドを分解する酵素(ALDH)の能力が弱いために
その毒性によって顔が赤くなったり気分が悪くなったりする。

ALDHには、アルコール分解能の高いALDH1と分解能のないALDH2がある。
この違いを決めているのはALDHをコードする遺伝子のたった一塩基の違いだ。
そのたった一塩基の違いがALDHのアミノ酸配列の変化をもたらし、酵素の活性を変えてしまう。
04_02.gif
Fig. 1 ALDH2遺伝子の塩基配列
配列gaaの塩基gがaに変わっただけでアミノ酸がグルタミン酸からリシンに変化続きを読む
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2004年11月01日

毒の話2 ―食物の中の毒―

毒の話シリーズ2回目

今回は前回の終わりに触れたとおり、食べ物の中に含まれる毒についての話だ。


食べ物の中に含まれている「毒」というと皆さんはどんなものを想像するだろうか?
残留農薬?ダイオキシン?それとも食べ物自体の有害成分?

どれも正しい。
しかしその中のどれが一番危険だろうか?
アメリカで行なわれた研究で、アメリカ国民が日々摂取する食品とその発がん性リスクを調べたものがある。
英語で、しかも見慣れない単語が多いと思うが興味のある人は読んでいただきたい。
http://potency.berkeley.edu/pdfs/herp.pdf (要Acrobat Reader)

簡単に説明しておこう。
この発がん性試験では、ラットとマウスを使って様々な食品の発がん性を調べ
それを人間に換算した量を指標としている。
発がん性の高さは、アメリカ人の平均摂取量を、動物実験換算の人の影響量で割った
HERP(人の被曝量/げっ歯類換算の発ガン濃度)という指標で示される。

例えばマウスに0.1mg/kg(摂取量/体重)の濃度で発がん性が見られ
人の被曝量(一日に晒される量)が0.02mg/kgのとき、HERPは20%となる。
この数値が高ければ高いほど発ガンリスクが上がる。

さて、発がんリスクの高い物から順に見ていこう。
これまでの常識がひっくり返りかねないので、十分に心がまえをしてからどうぞ。続きを読む
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2004年10月30日

遺伝子組み換え猫の販売と生化学者の思い

アメリカでは現在、遺伝子組み替え技術を用いた新種ペットの開発が続いているが、
今回、あるペット会社がアレルギーを起こさないよう遺伝子改良を施したネコを
販売する計画があると発表した。

http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20041029-00000211-jij-bus_all
【シリコンバレー29日時事】米ペット販売会社アレルカ(本社ロサンゼルス)はこのほど、飼い主にアレルギー反応を引き起こさない猫を遺伝子組み換え(GM)により開発し、2007年にも発売する計画を明らかにした。米国ではGMペットが相次ぎ、環境保護派が懸念を強めている。

さて、あなたがこの記事を読んで抱く感想はどのようなものだろう?

1.ヒューマニスト派
 人の勝手で遺伝子をいじられるなんて可哀想
2.遺伝子組み替え絶対反対派
 A)環境保護派 そんなものが世に出たら、遺伝子汚染が起こる。
 B)感情優先派 遺伝子組み替え絶対反対。ペットの遺伝子組換えなんて考えるだけでもおぞましい。
3.歓迎派
 アレルギーを気にせずペットが飼えるなんてすごい!
4.静観派
 A)興味ない
 B)面白いから見守っておこう

ちなみに私は4−Bだ。
微妙に3も入っている。

しかし世の中の多数派は1か2だろう。
生化学者として1、2の立場の人には言っておきたいことが山ほどある。
そんなわけで、今日は軽くジャブだ。続きを読む
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2004年10月26日

毒の話1 ―毒性学―

「毒性学」という学問がある。
あらゆる物質の毒性を調べる学問だ。

毒性学の定義に従うと、あらゆる物質は毒である。

例えば水。

人は水無しでは生きていけない。
しかし毒性学の立場から見ると、水ですら人体への毒性を持っている。
水に毒が溶けているという意味ではない。
純粋な水でさえ毒であるということだ。

もっとも、水を飲む時に「これが毒なんだ」と悩む必要は無い。
水の「致死量」は体重65〜70キロの成人男性で約10リットル。
普通に暮らしていて、10リットルも水をがぶ飲みする機会などありえない。
無理に飲もうとしたところで、救急車の世話になるのが落ちだ。

これはいささか極端過ぎるので
身の回りの物質でもう少し例を挙げてみよう。
 砂糖:1kg
 塩 :200g
 コーヒー:100杯
 醤油:600〜800ml
 ウイスキー:500ml(個人差有り)
個人差もあるが、これだけの量を一気に摂取すると人は死ぬ。
余談だが、アルコールの致死量は結構低い。
しかも個人差が大きいため、くれぐれも飲みすぎにはご注意を。


話を戻そう。
これらをみても、「摂り過ぎは何でも体に悪いという当たり前のことだ」
と思う人も多いだろう。(副作用は「死」だが)
普段当たり前に食べている物だから、「毒」と言われてもピンと来ないと思う。

「毒」というものは、ある量を超えた瞬間から「毒性」を発揮する。
この「毒性」が現れる限界量のことを「閾(しきい)値」と言う。
閾値を超えるまでは、毒性は現れない。
そして、ここが何よりも肝心なところだが
”どんな食品にも「閾値」が存在する”のだ。

それゆえに毒性学では「あらゆる物質が毒である」と定義する。

大抵の物質は閾値が非常に高く、生活上問題にならないのだが
閾値が非常に低い物も存在する。
つまり、少量で死に至るモノ。
これが一般に認識されている「毒」だ。
一方、常識的に考えてありえない量を摂取しないと死なない物。
これは一般には無害な物だと考えられている。

しかしトリカブトやジキタリスのような毒草も
昔は薬として使われていた程で、適量用いれば毒も薬となる。
摂取量が毒かそうでないかを決める訳だ。続きを読む
posted by 黒影 at 19:28 | Comment(8) | TrackBack(5) | バイオトピックス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2004年10月23日

人間はヒトの細胞と細菌から成る「超有機体」

http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20041013-00000006-wir-sci

―人は自分1人だけで生きているわけではない―
などと書くとまるで道徳の話のようだが、生物に関する話だ。

人間の体は約60兆個の細胞からできている。
そして、更に人の体には100兆もの微生物が棲み付いている。

細胞一つの大きさは人のほうがはるかにでかいが
単純に数だけで見ると人の細胞よりも微生物の細胞の方が多いのである。
それゆえに、人の体を、人と微生物の共生体として見る事も出来る。

気持ち悪いと思うかもしれないが、これは大変大事なことだ。続きを読む
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2004年10月20日

遺伝子組み替えの話を書く前に

このカテゴリでは遺伝子組み替え食品の話をメインに
書いていこうと思っているが、
その前に背景知識として必要な物を書いておく必要があるので
今日は備忘録代わりにメモを残す。

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posted by 黒影 at 22:13 | Comment(0) | TrackBack(0) | バイオトピックス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

生物は怠け者

およそ生物というのは基本的に怠け者である。
必要でない限り、出来る限り楽をしようとする本能を持っている。
例外は人類の一部ぐらいだろう。

―私にはまったくもって理解しがたい事だが
 一部の人達は使命感というよく分からない感情に駆り立てられ
 あくせくと働く事が好きなようだ―


わき道に逸れそうなので話を戻そう。
出来る限り楽をすることを好むという生物の本能は
遺伝子レベルから始まっている。

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posted by 黒影 at 01:34 | Comment(0) | TrackBack(0) | バイオトピックス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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