「ITベンチャーの社長のブログ」の元木さんからブログでバイオのバトンが回ってきた。
WEB2.0(っていうんですか?)ITベンチャーの社長のブログ:ブログでバイオ 第39回「第1回BT戦略推進官民会議(笑)」
以前参加したいとか書いたくせに、その後すっかり忘れておりました。
申し訳ありません。
情報量が多くしかも密度が濃いため、すぐには考えをまとめきれなさそうなので、とりあえずつなぎとしてこれまでの一覧をまとめておきます。
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2008年04月13日
2008年03月21日
バイオベンチャーのやばい話
最近のバイオ不況で青息吐息のベンチャーが多い中、しばらく前まで勝ち組に思えていたバイオベンチャーが急落していて驚かされたりする。
特殊な占い: LTTバイオファーマ(4566)のこと
続報、LTTバイオがアスクレピオスの破産手続き開始と発表、
「アスクレピオスの銀行口座には、あるはずのカネがなかった」
昨年アスクレピオスを買収した後、監査法人が二回も変わるという異常事態におちいり、これはやばいと逃げ出す向きも多かったらしいのだが、とうとう終わったか。
NIKKEI NET マネー&マーケット:スマートチャート-高機能チャートで詳細分析
株価は素晴らしい勢いで直滑降中で、あるいはこのまま整理組行きかという塩梅。
先行き不安なベンチャーが藁にもすがる思いでババつかまされてこけるというのは別に珍しくもない話だが、
この件が日本のバイオビジネスの現状を象徴しているようで気になった。
特に健康食品市場とかサプリメント市場とか。
あっちは怪しげなインチキ商品を氾濫させた挙句、消費者の信用を失ってマーケット自体が傾いているからな。
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特殊な占い: LTTバイオファーマ(4566)のこと
続報、LTTバイオがアスクレピオスの破産手続き開始と発表、
「アスクレピオスの銀行口座には、あるはずのカネがなかった」
昨年アスクレピオスを買収した後、監査法人が二回も変わるという異常事態におちいり、これはやばいと逃げ出す向きも多かったらしいのだが、とうとう終わったか。
NIKKEI NET マネー&マーケット:スマートチャート-高機能チャートで詳細分析
株価は素晴らしい勢いで直滑降中で、あるいはこのまま整理組行きかという塩梅。
先行き不安なベンチャーが藁にもすがる思いでババつかまされてこけるというのは別に珍しくもない話だが、
この件が日本のバイオビジネスの現状を象徴しているようで気になった。
特に健康食品市場とかサプリメント市場とか。
あっちは怪しげなインチキ商品を氾濫させた挙句、消費者の信用を失ってマーケット自体が傾いているからな。
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2008年01月25日
The PCR Song
今日コメント欄でArialさんが紹介して下さった、バイオ研究者向けの小ネタ。
実験屋なら思わず噴き出すこと請け合いです。
歌詞はこちら
私もウェットな実験やってた頃には何度PCRの結果に泣かされたことか。
Bio‐Radはいかした宣伝方法を考えたもんだ。
本家のサイトでムービーのダウンロードもできる模様。
Bio-Rad - Scientists for Better PCR
Arialさん面白いネタの紹介ありがとうございました。
実験屋なら思わず噴き出すこと請け合いです。
歌詞はこちら
The PCR Song
There was a time when to amplify DNA,
You had to grow tons and tons of tiny cells.
Then along came a guy named Dr. Kary Mullis,
Said you can amplify in vitro just as well.
Just mix your template with a buffer and some primers,
Nucleotides and polymerases, too.
Denaturing, annealing, and extending.
Well it’s amazing what heating and cooling and heating will do.
PCR, when you need to detect mutations.
PCR, when you need to recombine.
PCR, when you need to find out who the daddy is.
PCR, when you need to solve a crime.
(repeat chorus)
私もウェットな実験やってた頃には何度PCRの結果に泣かされたことか。
Bio‐Radはいかした宣伝方法を考えたもんだ。
本家のサイトでムービーのダウンロードもできる模様。
Bio-Rad - Scientists for Better PCR
Arialさん面白いネタの紹介ありがとうございました。
2008年01月19日
バイオテクノロジー戦略大綱
我が国のバイオ戦略を語る上で避けて通れないのがこれ。
BT戦略会議-バイオテクノロジー戦略大綱
2001年の時点で以下のような内訳だったバイオ産業を、2010年には関連分野も含めて一気に25兆円産業にまで育てようという非常に野心的な計画である。
すでに計画倒れになってしまった感が強いけれど。
以下データ
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BT戦略会議-バイオテクノロジー戦略大綱
2001年の時点で以下のような内訳だったバイオ産業を、2010年には関連分野も含めて一気に25兆円産業にまで育てようという非常に野心的な計画である。
すでに計画倒れになってしまった感が強いけれど。
以下データ
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2008年01月18日
バイオ市場の状況(2002)
2008年01月17日
あなたが知らない間に口にしているクローン食品
最近アメリカのFDAがクローン動物の安全宣言を出して各所で話題になっている。
・<クローン家畜>米FDAが最終報告 事実上の「安全宣言」(毎日新聞) - Yahoo!ニュース
・体細胞クローンの牛・豚・ヤギに安全宣言…米食品医薬品局(読売新聞) - Yahoo!ニュース
アンチGMOな毎日新聞がクローン食品に対してもいつもの調子で記事を書いていて微笑ましいが、それはまた別の機会に。
ちょっと話がそれた。
さて、クローン動物はともかく、クローン食品はすでに普通に我々の食卓にのぼっているということをみなさんはご存じだろうか?
その食品は決して頻繁に口にするものではないが、少なくとも日本人の半数以上が過去1年間に一度は口にしたであろう食べ物だ。
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・<クローン家畜>米FDAが最終報告 事実上の「安全宣言」(毎日新聞) - Yahoo!ニュース
・体細胞クローンの牛・豚・ヤギに安全宣言…米食品医薬品局(読売新聞) - Yahoo!ニュース
アンチGMOな毎日新聞がクローン食品に対してもいつもの調子で記事を書いていて微笑ましいが、それはまた別の機会に。
ちょっと話がそれた。
さて、クローン動物はともかく、クローン食品はすでに普通に我々の食卓にのぼっているということをみなさんはご存じだろうか?
その食品は決して頻繁に口にするものではないが、少なくとも日本人の半数以上が過去1年間に一度は口にしたであろう食べ物だ。
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色々バイオテクノロジー
バイオテクノロジーは医薬理工農の理系5大ジャンルすべてにまたがる広い学問ジャンルですが、各分野について語る際に、そのジャンルを表す色の名前を使って"○○バイオ"という言い方をする場合があります。
例えば医薬分野の場合であれば、レッド・バイオテクノロジー。
これは人間の血の色を表しています。病院のマークとおなじですね。
あるいは農業分野のバイオであれば、グリーン・バイオテクノロジー。
これも植物の色なのでわかりやすいと思います。
また、グリーンバイオには環境浄化のバイオも含まれます。
次にバイオテクノロジーの工業利用をホワイト・バイオテクノロジー。
これはちょっとイメージが付きにくいですが、まあクリーンルームやラボのイメージとでも思ってください。
最後に海洋バイオ、水産バイオテクノロジーを意味するブルー・バイオテクノロジー。
これも海の色、水の色なので分かりやすいかと。
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例えば医薬分野の場合であれば、レッド・バイオテクノロジー。
これは人間の血の色を表しています。病院のマークとおなじですね。
あるいは農業分野のバイオであれば、グリーン・バイオテクノロジー。
これも植物の色なのでわかりやすいと思います。
また、グリーンバイオには環境浄化のバイオも含まれます。
次にバイオテクノロジーの工業利用をホワイト・バイオテクノロジー。
これはちょっとイメージが付きにくいですが、まあクリーンルームやラボのイメージとでも思ってください。
最後に海洋バイオ、水産バイオテクノロジーを意味するブルー・バイオテクノロジー。
これも海の色、水の色なので分かりやすいかと。
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2007年11月04日
エレタトロボレーション
先日調べ物をしていたら、「エレタトロボレーション」なる珍語に出くわした。
農林水産省農林水産技術会議内でまれに使用されるテクニカルタームで、電気穿孔法のことを意味するようだ。
どう脳内変換したらelectroporationがエレタトロボレーションになるのか、中々に謎である。
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農林水産省農林水産技術会議内でまれに使用されるテクニカルタームで、電気穿孔法のことを意味するようだ。
どう脳内変換したらelectroporationがエレタトロボレーションになるのか、中々に謎である。
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2007年08月07日
夏の学校に参加してきました
皆さんお久しぶりです。
先週は旅行をしたり前に紹介した生化学若手の会夏の学校に参加したりとずっと家を出ていました。
最近時折秋の風が吹くようになってきたものの、関東はまだまだ暑いですね。
ちょっと歩きまわっているだけですぐ汗だくになります。
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先週は旅行をしたり前に紹介した生化学若手の会夏の学校に参加したりとずっと家を出ていました。
最近時折秋の風が吹くようになってきたものの、関東はまだまだ暑いですね。
ちょっと歩きまわっているだけですぐ汗だくになります。
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タグ:バイオインフォマティクス
2007年07月12日
地球外生命体は想像以上に奇妙な生き物かもしれない
ナショナルジオグラフィックから。
地球外生命体は、人の想像の範疇を超えて奇妙な生態をしているかも知れない。
Alien Life May Be "Weirder" Than Scientists Think, Report Says
ソレは水の代わりに液体メタンの海に棲んでいるかもしれない。
太陽の代わりに塩酸からエネルギーを得ているかもしれない。
人が知っている生命の生息条件はあくまでも地球上のそれに限られたものであり、まったく違う系統の生命にはそれが当てはまらない可能性がある。
そんなわけで米国科学アカデミーは7月6日に、「宇宙の有機生命の限界」と題したレポートを公表した。
The National Academies | News | Limits of Organic Life in the Universe
レポートの目的は
ということで、現在の知識から考えられる宇宙の生命の限界と、NASAの活動でそういった生命に出くわした場合どうやって認識・保存・研究すればいいのかを考えるというもの。
25ドル払えば本の形で購入も出来るけど、無料のフルテキストやサマリーが出ているので、私達はこちらを読もう。
サマリーといってもpdfで21ページもあるので読み応えは十分だ。(フルテキストは116ページ)
・The Limits of Organic Life in Planetary Systems(フルテキスト)
・The Limits of Organic Life in Planetary Systems(サマリー)
人が知っている地球上の生物だけでも、その生息可能範囲は300気圧を超える深海から0.1気圧以下の空気の薄い世界まで、-50℃のブリザードが吹き荒れる中や-10℃の海中から120℃を超える熱泉の中、高度100キロの高層大気中から地下10キロの地中に至るまで、砂漠だろうが、無人島だろうが地球上には様々な生物が生息している。
情報が無かった昔とは違い、生命を構成する有機物が他星系や宇宙空間にすらごくありふれたものだと分かった今「生命が成立しうる条件」はかなり広範囲に渡ると考えられている。
いずれ暇を見てきちんとこのレポートを読んで紹介してみたいね。
地球外生命体は、人の想像の範疇を超えて奇妙な生態をしているかも知れない。
Alien Life May Be "Weirder" Than Scientists Think, Report Says
Think life on Earth is weird? It might be even weirder on distant planets and moons, according to a new report.
Instead of thriving on water, extraterrestrial organisms might live in a sea of liquid methane. Or instead of getting energy from the sun, they might thrive on hydrochloric acid.
ソレは水の代わりに液体メタンの海に棲んでいるかもしれない。
太陽の代わりに塩酸からエネルギーを得ているかもしれない。
人が知っている生命の生息条件はあくまでも地球上のそれに限られたものであり、まったく違う系統の生命にはそれが当てはまらない可能性がある。
そんなわけで米国科学アカデミーは7月6日に、「宇宙の有機生命の限界」と題したレポートを公表した。
The National Academies | News | Limits of Organic Life in the Universe
レポートの目的は
・What can be authoritatively said today about limits of life in the cosmos?
・What Earth-based research must be done to explore those limits so that NASA missions would be able to
recognize, conserve, and study alien life that is encountered?
ということで、現在の知識から考えられる宇宙の生命の限界と、NASAの活動でそういった生命に出くわした場合どうやって認識・保存・研究すればいいのかを考えるというもの。
25ドル払えば本の形で購入も出来るけど、無料のフルテキストやサマリーが出ているので、私達はこちらを読もう。
サマリーといってもpdfで21ページもあるので読み応えは十分だ。(フルテキストは116ページ)
・The Limits of Organic Life in Planetary Systems(フルテキスト)
・The Limits of Organic Life in Planetary Systems(サマリー)
人が知っている地球上の生物だけでも、その生息可能範囲は300気圧を超える深海から0.1気圧以下の空気の薄い世界まで、-50℃のブリザードが吹き荒れる中や-10℃の海中から120℃を超える熱泉の中、高度100キロの高層大気中から地下10キロの地中に至るまで、砂漠だろうが、無人島だろうが地球上には様々な生物が生息している。
情報が無かった昔とは違い、生命を構成する有機物が他星系や宇宙空間にすらごくありふれたものだと分かった今「生命が成立しうる条件」はかなり広範囲に渡ると考えられている。
いずれ暇を見てきちんとこのレポートを読んで紹介してみたいね。
2007年07月11日
高さ70cmのお化けキノコ、マクロサイブ・タイタンズ
写真を見たが、こりゃ確かにすごいわ。
Yahoo!ニュース - 時事通信 - 【こぼれ話】重さ20キロ超える巨大キノコ発見=メキシコ

学名"Macrocybe titans"という巨人の名を冠するこのキノコ。
それでも普通は精々30〜40cm程度らしいのだが、今回見つかったのはさらにキングサイズだったようだ。
写真を見るとまるで傘みたいに見える。
これは間違いなくギネス級だね。
Mexican mega-mushroom a savoury stunner - ABC News (Australian Broadcasting Corporation)
Yahoo!ニュース - 時事通信 - 【こぼれ話】重さ20キロ超える巨大キノコ発見=メキシコ
【トゥストラグティエレス(メキシコ)10日AFP=時事】メキシコの最南部のチアパス州でこのほど、重さが20キロ以上もある巨大なキノコが発見された。
この白いキノコはマクロサイブ・タイタンズと呼ばれるもので、高さは70センチ。グアテマラとの国境に近い同州のタパチュラの森林の中で見つかった。

学名"Macrocybe titans"という巨人の名を冠するこのキノコ。
それでも普通は精々30〜40cm程度らしいのだが、今回見つかったのはさらにキングサイズだったようだ。
写真を見るとまるで傘みたいに見える。
これは間違いなくギネス級だね。
Mexican mega-mushroom a savoury stunner - ABC News (Australian Broadcasting Corporation)
2007年07月02日
合成生物学 フリー論文集
2007年06月21日
バイオ リレーエッセイ
2007年05月09日
Encyclopedia of Life ―生命百科事典の編纂が開始される―
ビッグニュースがあるので紹介。
生物系の大学に通っている人や、こういった分野に興味のある人にとっては朗報なので、知っておいて損は無いよ。
Via Scientists work on Encyclopedia of Life - Yahoo! News
アメリカで始まったこの生命百科辞典のプロジェクトは、総期間10年、最初の二年だけでも14億円もの予算を組んだ大型プロジェクトらしい。
地球上に生息する180万種の生物について、解説、写真、地図、動画、音声、目撃情報、科学論文などありとあらゆる情報をまとめようという恐ろしく野心的なプロジェクトでもある。
コンセプトは小学生から専門家まで利用できる百科辞典ということで、利用目的に応じて情報量や記述レベルを選択できるというのが売りの一つ。
サンプルはこんな感じ>Encyclopedia of Life Demonstration Pages
今流行のCGMのコンセプトを取り込むらしく、このプロジェクトには専門家でなくとも参加することが可能だ。
写真を撮って投稿したり、目撃情報を載せたりということが出来るようになる予定だとか。
英語なのでどうしても日本人には使いづらいかも知れないが、
専門家以外でもブックマークしておいて損は無いと思うよ。
ちなみに今はまだ準備段階、百科事典は利用できないのであしからず。
稼動するまでしばらくかかるはずなので、稼動したらまた紹介する事にしようか。
Encyclopedia of Life
◆関連記事
・幻影随想: 生命百科事典の本格稼働のお知らせ
生物系の大学に通っている人や、こういった分野に興味のある人にとっては朗報なので、知っておいて損は無いよ。
Via Scientists work on Encyclopedia of Life - Yahoo! News
WASHINGTON - In a whale-sized project, the world's scientists plan to compile everything they know about all of Earth's 1.8 million known species and put it all on one Web site, open to everyone.
The effort, called the Encyclopedia of Life, will include species descriptions, pictures, maps, videos, sound, sightings by amateurs, and links to entire genomes and scientific journal papers. Its first pages of information will be shown Wednesday in Washington where the massive effort is being announced by some of the world's leading scientific institutions and universities. The project will take about 10 years to complete.
アメリカで始まったこの生命百科辞典のプロジェクトは、総期間10年、最初の二年だけでも14億円もの予算を組んだ大型プロジェクトらしい。
地球上に生息する180万種の生物について、解説、写真、地図、動画、音声、目撃情報、科学論文などありとあらゆる情報をまとめようという恐ろしく野心的なプロジェクトでもある。
コンセプトは小学生から専門家まで利用できる百科辞典ということで、利用目的に応じて情報量や記述レベルを選択できるというのが売りの一つ。
サンプルはこんな感じ>Encyclopedia of Life Demonstration Pages
今流行のCGMのコンセプトを取り込むらしく、このプロジェクトには専門家でなくとも参加することが可能だ。
写真を撮って投稿したり、目撃情報を載せたりということが出来るようになる予定だとか。
英語なのでどうしても日本人には使いづらいかも知れないが、
専門家以外でもブックマークしておいて損は無いと思うよ。
ちなみに今はまだ準備段階、百科事典は利用できないのであしからず。
稼動するまでしばらくかかるはずなので、稼動したらまた紹介する事にしようか。
Encyclopedia of Life
◆関連記事
・幻影随想: 生命百科事典の本格稼働のお知らせ
2007年03月02日
バクテリアで土壌改良
先日YahooNewsにこんな記事が載っていた。
バクテリアを使って土を固め、地震のダメージを小さくするという研究である。
Live Bacteria Could Reduce Earthquake Damage - Yahoo! News
実は私も以前これに近い研究をやらされており、
やはり同じようにバチルスを使っていた。
続きを読む
バクテリアを使って土を固め、地震のダメージを小さくするという研究である。
Live Bacteria Could Reduce Earthquake Damage - Yahoo! News
実は私も以前これに近い研究をやらされており、
やはり同じようにバチルスを使っていた。
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タグ:バイオテクノロジー
2006年10月13日
Genomic Era ―ゲノム情報の時代―
ヒトゲノム解読計画が本格的に議論され始めたのは今から20年前、1986年のことである。
計画の正式発足は1990年、解読開始は1991年だった。
そしてヒトゲノム解読完了が2003年で正式発表が2004年10月だから、
足掛け14年の長いプロジェクトだった事になる。
日米英独仏中6カ国から数万人の科学者が参加した、過去に例を見ない大規模プロジェクトである。
当初は100年がかりになると言われていたことを考えると、これでも随分と短く済んだほうなのだ。
ゲノム解析は年を追うごとに加速度的に進んでいき、実質的には大部分を最後の数年で解読した。
この大幅な期間短縮に貢献したのが自動塩基配列解読装置、DNAシーケンサーの急速な発達と、当時非常に高価だったシーケンサーを大量に用意し、物量作戦でゲノム解析を進めるビジネスモデルを確立したセレラ社に代表されるゲノムベンチャーだ。
1998年にヒトゲノム解読参入を表明したセレラ社は、ゲノムプロジェクトのそれまでのリードをいとも簡単にひっくり返した。この有力な競争相手が現れることが無ければ、ヒトゲノム解析はまだ終わっていなかったかもしれない。
圧倒的な情報力は大きなアドバンテージに、そして金になる。そう気付いた者達はこぞってセレラ社に続き、そしてシーケンサーの開発競争も加速した。続きを読む
計画の正式発足は1990年、解読開始は1991年だった。
そしてヒトゲノム解読完了が2003年で正式発表が2004年10月だから、
足掛け14年の長いプロジェクトだった事になる。
日米英独仏中6カ国から数万人の科学者が参加した、過去に例を見ない大規模プロジェクトである。
当初は100年がかりになると言われていたことを考えると、これでも随分と短く済んだほうなのだ。
ゲノム解析は年を追うごとに加速度的に進んでいき、実質的には大部分を最後の数年で解読した。
この大幅な期間短縮に貢献したのが自動塩基配列解読装置、DNAシーケンサーの急速な発達と、当時非常に高価だったシーケンサーを大量に用意し、物量作戦でゲノム解析を進めるビジネスモデルを確立したセレラ社に代表されるゲノムベンチャーだ。
1998年にヒトゲノム解読参入を表明したセレラ社は、ゲノムプロジェクトのそれまでのリードをいとも簡単にひっくり返した。この有力な競争相手が現れることが無ければ、ヒトゲノム解析はまだ終わっていなかったかもしれない。
圧倒的な情報力は大きなアドバンテージに、そして金になる。そう気付いた者達はこぞってセレラ社に続き、そしてシーケンサーの開発競争も加速した。続きを読む
2006年08月19日
2006年01月29日
サンプルが謎のナノバクテリアに汚染されました
謎のナノバクテリアにサンプルをやられました。
修論の追い込み中だってのにマジ勘弁orz。

中央のでかい桿菌が私の使っている菌です。
丸いちっこいのがコンタミ菌。
直径100〜200nm程度のとても小さい菌体で、
プレーティングしても自分の菌しか出てこないから汚染に気がつかなかった。
どうも培地にコンタミしていたようだがかといって培地が濁るわけでもなし
私の菌と一緒になった時だけ増えるようだ。
まさか絶対共生菌とかじゃ無いよな?
ナノバクテリアは以前このブログで取り上げたことがあったが、
まさか自分が関わることになるとは思いもよらなかった。
ナノバクテリアなんて嫌いだ。
修論の追い込み中だってのにマジ勘弁orz。

中央のでかい桿菌が私の使っている菌です。
丸いちっこいのがコンタミ菌。
直径100〜200nm程度のとても小さい菌体で、
プレーティングしても自分の菌しか出てこないから汚染に気がつかなかった。
どうも培地にコンタミしていたようだがかといって培地が濁るわけでもなし
私の菌と一緒になった時だけ増えるようだ。
まさか絶対共生菌とかじゃ無いよな?
ナノバクテリアは以前このブログで取り上げたことがあったが、
まさか自分が関わることになるとは思いもよらなかった。
ナノバクテリアなんて嫌いだ。
2005年11月19日
2005年10月27日
理研CDBカードゲーム「Embry 王」
何だこのやたらと高いクオリティはw
理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター(理研CDB)
Embry 王 理研CDBゲームカード
(via Motoの茶室 (Moto's tea room):ポスドク的カードゲーム!)
理研にも遊び心の判る人がいるんだなw
超グッジョブw
うちのブログでも紹介させて貰おう。
理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター(理研CDB)
Embry 王 理研CDBゲームカード
(via Motoの茶室 (Moto's tea room):ポスドク的カードゲーム!)
![]() | 理研CDBでは、色々な細胞や生物の発生過程、ハエの変異体などについて楽しく学べる子供向けのゲームカードをつくりました。30枚1セットのゲームカードで、それぞれのカードに振られた数字やマークで競い合います。 このゲームカードは、研究所の一般公開や学会などで配布してきましたが、この度、ホームページ上にデータを公開いたしました。非営利・教育目的に限り、これらのデータを無料にてご利用いただけます。 |
理研にも遊び心の判る人がいるんだなw
超グッジョブw
うちのブログでも紹介させて貰おう。
2005年06月17日
進化のアルゴリズム
一応この記事から続く流れになります。
「進化論に関しての通行人氏へのお答え」
進化は偶然ではない
というと誤解を招きそうで言葉の使い方が難しいのですが
確率的な偶然と自然淘汰の間には天と地ほどの開きがあります。
どうも通行人さんはここのところを誤解されているようです。
「盲目の時計職人」にちょうどいい文章があるので引用しておこうと思います。
続きを読む
「進化論に関しての通行人氏へのお答え」
進化は偶然ではない
というと誤解を招きそうで言葉の使い方が難しいのですが
確率的な偶然と自然淘汰の間には天と地ほどの開きがあります。
どうも通行人さんはここのところを誤解されているようです。
「盲目の時計職人」にちょうどいい文章があるので引用しておこうと思います。
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2005年05月17日
2005年05月06日
2005年04月13日
LAMP法
ただいまLAMP法の勉強中。
LAMP法とは、Loop-mediated Isothermal Amplification の略で
サーマルサイクラーを必要としない簡易DNA増幅法です。
6つの領域を認識する4種類のプライマーを用いるため高い特異性を持ち
しかも増幅効率も非常に高いので今後普及しそうな方法なんですが
プライマーの設計が面倒なのと、産物が特殊なので用途を選びそうなのが難点。
でもこの方法を使えば面白いことが出来そうな予感。
素人でも簡単に使えるキットが色々と作れそう。
◆関連リンク
・LAMP法 連載セミナー
LAMP法とは、Loop-mediated Isothermal Amplification の略で
サーマルサイクラーを必要としない簡易DNA増幅法です。
6つの領域を認識する4種類のプライマーを用いるため高い特異性を持ち
しかも増幅効率も非常に高いので今後普及しそうな方法なんですが
プライマーの設計が面倒なのと、産物が特殊なので用途を選びそうなのが難点。
でもこの方法を使えば面白いことが出来そうな予感。
素人でも簡単に使えるキットが色々と作れそう。
◆関連リンク
・LAMP法 連載セミナー
2005年03月15日
アラインメント編集ツール
*バイオ業界の人で無いと分かりにくい話かも。
バイオインフォマティックス(生物情報工学)のツールの一つにClustalXというソフトがあります。
複数のDNAシークエンスを比較して違いを解析したりするツールで
最近は毎日のようにこのソフトを使っているのですが、操作性が悪くてストレスがたまるなぁと。
日本語名のフォルダにアクセスするとエラーが出るし
アラインメントの直接編集もプリントも出来ないしで結構不満があるわけです。
ネットを探してみたけれどいいツールを見つける事が出来なかったので
いっそアラインメント編集ツールを自分で作ってみようかと思い立ちました。
(フリーのいいツールをご存知の方おられたら教えて下さい)続きを読む
バイオインフォマティックス(生物情報工学)のツールの一つにClustalXというソフトがあります。
複数のDNAシークエンスを比較して違いを解析したりするツールで
最近は毎日のようにこのソフトを使っているのですが、操作性が悪くてストレスがたまるなぁと。
日本語名のフォルダにアクセスするとエラーが出るし
アラインメントの直接編集もプリントも出来ないしで結構不満があるわけです。
ネットを探してみたけれどいいツールを見つける事が出来なかったので
いっそアラインメント編集ツールを自分で作ってみようかと思い立ちました。
(フリーのいいツールをご存知の方おられたら教えて下さい)続きを読む
2005年01月31日
耐塩性植物の開発に成功
死海のラン藻から耐塩植物 名城大教授らが開発成功
死海は塩濃度が20%を超える非常に塩っ辛い湖です。
あまりの塩濃度の高さに高等生物は生きる事が出来ません。
しかしそんな環境にも様々な微生物が生息しています。続きを読む
名城大総合研究所の高倍昭洋教授は名古屋大や島津製作所の研究グループと共同で、死海に生育するラン藻の遺伝子を用いて、塩分の高い土壌でも生育可能な植物の開発に成功、31日までに米科学アカデミー紀要(電子版)に掲載された。
死海は塩濃度が20%を超える非常に塩っ辛い湖です。
あまりの塩濃度の高さに高等生物は生きる事が出来ません。
しかしそんな環境にも様々な微生物が生息しています。続きを読む
2004年12月23日
SNPs
◆SNP(s)(Single Nucleotide Polymorphism(s))
SNP(s)とは、一塩基多型の略でスニップ(ス)と読み、遺伝子の1塩基レベルでの個体差を意味する。
これだけだと何のことか分からないのでもう少し分かりやすく説明しよう。
ヒトの遺伝子に一人一人個人差があるのは誰もが知っていると思う。
たった数塩基のDNA配列上の違いは、その遺伝子の設計する酵素の働きや発現量を変え
さらにそれが個々人の生化学的な性質の違いにまで発展する。
これがSNPsの意味するものだ。
最も有名な例がアルコールに対する耐性の違いだろう。
ヒトがアルコールを摂取すると、
アルコール
↓ 2・CH3CH2OH + O2 →2・CH3CHO + 2・H2O
アセトアルデヒド
↓ 2・CH3CHO + O2 →2・CH3COOH
酢酸
の順に代謝されていく。
アルコールをアセトアルデヒドに酸化する酵素をアルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)
アセトアルデヒドを酢酸に酸化する酵素をアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH)と呼ぶ。
この代謝経路の中間代謝産物となるアセトアルデヒドは
シックハウスの原因物質ともされているくらいでかなりの有毒物質だ。
アルコールに弱い人は、このアセトアルデヒドを分解する酵素(ALDH)の能力が弱いために
その毒性によって顔が赤くなったり気分が悪くなったりする。
ALDHには、アルコール分解能の高いALDH1と分解能のないALDH2がある。
この違いを決めているのはALDHをコードする遺伝子のたった一塩基の違いだ。
そのたった一塩基の違いがALDHのアミノ酸配列の変化をもたらし、酵素の活性を変えてしまう。

Fig. 1 ALDH2遺伝子の塩基配列
配列gaaの塩基gがaに変わっただけでアミノ酸がグルタミン酸からリシンに変化続きを読む
SNP(s)とは、一塩基多型の略でスニップ(ス)と読み、遺伝子の1塩基レベルでの個体差を意味する。
これだけだと何のことか分からないのでもう少し分かりやすく説明しよう。
ヒトの遺伝子に一人一人個人差があるのは誰もが知っていると思う。
たった数塩基のDNA配列上の違いは、その遺伝子の設計する酵素の働きや発現量を変え
さらにそれが個々人の生化学的な性質の違いにまで発展する。
これがSNPsの意味するものだ。
最も有名な例がアルコールに対する耐性の違いだろう。
ヒトがアルコールを摂取すると、
アルコール
↓ 2・CH3CH2OH + O2 →2・CH3CHO + 2・H2O
アセトアルデヒド
↓ 2・CH3CHO + O2 →2・CH3COOH
酢酸
の順に代謝されていく。
アルコールをアセトアルデヒドに酸化する酵素をアルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)
アセトアルデヒドを酢酸に酸化する酵素をアセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH)と呼ぶ。
この代謝経路の中間代謝産物となるアセトアルデヒドは
シックハウスの原因物質ともされているくらいでかなりの有毒物質だ。
アルコールに弱い人は、このアセトアルデヒドを分解する酵素(ALDH)の能力が弱いために
その毒性によって顔が赤くなったり気分が悪くなったりする。
ALDHには、アルコール分解能の高いALDH1と分解能のないALDH2がある。
この違いを決めているのはALDHをコードする遺伝子のたった一塩基の違いだ。
そのたった一塩基の違いがALDHのアミノ酸配列の変化をもたらし、酵素の活性を変えてしまう。

Fig. 1 ALDH2遺伝子の塩基配列
配列gaaの塩基gがaに変わっただけでアミノ酸がグルタミン酸からリシンに変化続きを読む
2004年11月01日
毒の話2 ―食物の中の毒―
毒の話シリーズ2回目
今回は前回の終わりに触れたとおり、食べ物の中に含まれる毒についての話だ。
食べ物の中に含まれている「毒」というと皆さんはどんなものを想像するだろうか?
残留農薬?ダイオキシン?それとも食べ物自体の有害成分?
どれも正しい。
しかしその中のどれが一番危険だろうか?
アメリカで行なわれた研究で、アメリカ国民が日々摂取する食品とその発がん性リスクを調べたものがある。
英語で、しかも見慣れない単語が多いと思うが興味のある人は読んでいただきたい。
http://potency.berkeley.edu/pdfs/herp.pdf (要Acrobat Reader)
簡単に説明しておこう。
この発がん性試験では、ラットとマウスを使って様々な食品の発がん性を調べ
それを人間に換算した量を指標としている。
発がん性の高さは、アメリカ人の平均摂取量を、動物実験換算の人の影響量で割った
HERP(人の被曝量/げっ歯類換算の発ガン濃度)という指標で示される。
例えばマウスに0.1mg/kg(摂取量/体重)の濃度で発がん性が見られ
人の被曝量(一日に晒される量)が0.02mg/kgのとき、HERPは20%となる。
この数値が高ければ高いほど発ガンリスクが上がる。
さて、発がんリスクの高い物から順に見ていこう。
これまでの常識がひっくり返りかねないので、十分に心がまえをしてからどうぞ。続きを読む
今回は前回の終わりに触れたとおり、食べ物の中に含まれる毒についての話だ。
食べ物の中に含まれている「毒」というと皆さんはどんなものを想像するだろうか?
残留農薬?ダイオキシン?それとも食べ物自体の有害成分?
どれも正しい。
しかしその中のどれが一番危険だろうか?
アメリカで行なわれた研究で、アメリカ国民が日々摂取する食品とその発がん性リスクを調べたものがある。
英語で、しかも見慣れない単語が多いと思うが興味のある人は読んでいただきたい。
http://potency.berkeley.edu/pdfs/herp.pdf (要Acrobat Reader)
簡単に説明しておこう。
この発がん性試験では、ラットとマウスを使って様々な食品の発がん性を調べ
それを人間に換算した量を指標としている。
発がん性の高さは、アメリカ人の平均摂取量を、動物実験換算の人の影響量で割った
HERP(人の被曝量/げっ歯類換算の発ガン濃度)という指標で示される。
例えばマウスに0.1mg/kg(摂取量/体重)の濃度で発がん性が見られ
人の被曝量(一日に晒される量)が0.02mg/kgのとき、HERPは20%となる。
この数値が高ければ高いほど発ガンリスクが上がる。
さて、発がんリスクの高い物から順に見ていこう。
これまでの常識がひっくり返りかねないので、十分に心がまえをしてからどうぞ。続きを読む
2004年10月30日
遺伝子組み換え猫の販売と生化学者の思い
アメリカでは現在、遺伝子組み替え技術を用いた新種ペットの開発が続いているが、
今回、あるペット会社がアレルギーを起こさないよう遺伝子改良を施したネコを
販売する計画があると発表した。
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20041029-00000211-jij-bus_all
さて、あなたがこの記事を読んで抱く感想はどのようなものだろう?
1.ヒューマニスト派
人の勝手で遺伝子をいじられるなんて可哀想
2.遺伝子組み替え絶対反対派
A)環境保護派 そんなものが世に出たら、遺伝子汚染が起こる。
B)感情優先派 遺伝子組み替え絶対反対。ペットの遺伝子組換えなんて考えるだけでもおぞましい。
3.歓迎派
アレルギーを気にせずペットが飼えるなんてすごい!
4.静観派
A)興味ない
B)面白いから見守っておこう
ちなみに私は4−Bだ。
微妙に3も入っている。
しかし世の中の多数派は1か2だろう。
生化学者として1、2の立場の人には言っておきたいことが山ほどある。
そんなわけで、今日は軽くジャブだ。続きを読む
今回、あるペット会社がアレルギーを起こさないよう遺伝子改良を施したネコを
販売する計画があると発表した。
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20041029-00000211-jij-bus_all
【シリコンバレー29日時事】米ペット販売会社アレルカ(本社ロサンゼルス)はこのほど、飼い主にアレルギー反応を引き起こさない猫を遺伝子組み換え(GM)により開発し、2007年にも発売する計画を明らかにした。米国ではGMペットが相次ぎ、環境保護派が懸念を強めている。
さて、あなたがこの記事を読んで抱く感想はどのようなものだろう?
1.ヒューマニスト派
人の勝手で遺伝子をいじられるなんて可哀想
2.遺伝子組み替え絶対反対派
A)環境保護派 そんなものが世に出たら、遺伝子汚染が起こる。
B)感情優先派 遺伝子組み替え絶対反対。ペットの遺伝子組換えなんて考えるだけでもおぞましい。
3.歓迎派
アレルギーを気にせずペットが飼えるなんてすごい!
4.静観派
A)興味ない
B)面白いから見守っておこう
ちなみに私は4−Bだ。
微妙に3も入っている。
しかし世の中の多数派は1か2だろう。
生化学者として1、2の立場の人には言っておきたいことが山ほどある。
そんなわけで、今日は軽くジャブだ。続きを読む
2004年10月26日
毒の話1 ―毒性学―
「毒性学」という学問がある。
あらゆる物質の毒性を調べる学問だ。
毒性学の定義に従うと、あらゆる物質は毒である。
例えば水。
人は水無しでは生きていけない。
しかし毒性学の立場から見ると、水ですら人体への毒性を持っている。
水に毒が溶けているという意味ではない。
純粋な水でさえ毒であるということだ。
もっとも、水を飲む時に「これが毒なんだ」と悩む必要は無い。
水の「致死量」は体重65〜70キロの成人男性で約10リットル。
普通に暮らしていて、10リットルも水をがぶ飲みする機会などありえない。
無理に飲もうとしたところで、救急車の世話になるのが落ちだ。
これはいささか極端過ぎるので
身の回りの物質でもう少し例を挙げてみよう。
砂糖:1kg
塩 :200g
コーヒー:100杯
醤油:600〜800ml
ウイスキー:500ml(個人差有り)
個人差もあるが、これだけの量を一気に摂取すると人は死ぬ。
余談だが、アルコールの致死量は結構低い。
しかも個人差が大きいため、くれぐれも飲みすぎにはご注意を。
話を戻そう。
これらをみても、「摂り過ぎは何でも体に悪いという当たり前のことだ」
と思う人も多いだろう。(副作用は「死」だが)
普段当たり前に食べている物だから、「毒」と言われてもピンと来ないと思う。
「毒」というものは、ある量を超えた瞬間から「毒性」を発揮する。
この「毒性」が現れる限界量のことを「閾(しきい)値」と言う。
閾値を超えるまでは、毒性は現れない。
そして、ここが何よりも肝心なところだが
”どんな食品にも「閾値」が存在する”のだ。
それゆえに毒性学では「あらゆる物質が毒である」と定義する。
大抵の物質は閾値が非常に高く、生活上問題にならないのだが
閾値が非常に低い物も存在する。
つまり、少量で死に至るモノ。
これが一般に認識されている「毒」だ。
一方、常識的に考えてありえない量を摂取しないと死なない物。
これは一般には無害な物だと考えられている。
しかしトリカブトやジキタリスのような毒草も
昔は薬として使われていた程で、適量用いれば毒も薬となる。
摂取量が毒かそうでないかを決める訳だ。続きを読む
あらゆる物質の毒性を調べる学問だ。
毒性学の定義に従うと、あらゆる物質は毒である。
例えば水。
人は水無しでは生きていけない。
しかし毒性学の立場から見ると、水ですら人体への毒性を持っている。
水に毒が溶けているという意味ではない。
純粋な水でさえ毒であるということだ。
もっとも、水を飲む時に「これが毒なんだ」と悩む必要は無い。
水の「致死量」は体重65〜70キロの成人男性で約10リットル。
普通に暮らしていて、10リットルも水をがぶ飲みする機会などありえない。
無理に飲もうとしたところで、救急車の世話になるのが落ちだ。
これはいささか極端過ぎるので
身の回りの物質でもう少し例を挙げてみよう。
砂糖:1kg
塩 :200g
コーヒー:100杯
醤油:600〜800ml
ウイスキー:500ml(個人差有り)
個人差もあるが、これだけの量を一気に摂取すると人は死ぬ。
余談だが、アルコールの致死量は結構低い。
しかも個人差が大きいため、くれぐれも飲みすぎにはご注意を。
話を戻そう。
これらをみても、「摂り過ぎは何でも体に悪いという当たり前のことだ」
と思う人も多いだろう。(副作用は「死」だが)
普段当たり前に食べている物だから、「毒」と言われてもピンと来ないと思う。
「毒」というものは、ある量を超えた瞬間から「毒性」を発揮する。
この「毒性」が現れる限界量のことを「閾(しきい)値」と言う。
閾値を超えるまでは、毒性は現れない。
そして、ここが何よりも肝心なところだが
”どんな食品にも「閾値」が存在する”のだ。
それゆえに毒性学では「あらゆる物質が毒である」と定義する。
大抵の物質は閾値が非常に高く、生活上問題にならないのだが
閾値が非常に低い物も存在する。
つまり、少量で死に至るモノ。
これが一般に認識されている「毒」だ。
一方、常識的に考えてありえない量を摂取しないと死なない物。
これは一般には無害な物だと考えられている。
しかしトリカブトやジキタリスのような毒草も
昔は薬として使われていた程で、適量用いれば毒も薬となる。
摂取量が毒かそうでないかを決める訳だ。続きを読む
2004年10月23日
人間はヒトの細胞と細菌から成る「超有機体」
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20041013-00000006-wir-sci
―人は自分1人だけで生きているわけではない―
などと書くとまるで道徳の話のようだが、生物に関する話だ。
人間の体は約60兆個の細胞からできている。
そして、更に人の体には100兆もの微生物が棲み付いている。
細胞一つの大きさは人のほうがはるかにでかいが
単純に数だけで見ると人の細胞よりも微生物の細胞の方が多いのである。
それゆえに、人の体を、人と微生物の共生体として見る事も出来る。
気持ち悪いと思うかもしれないが、これは大変大事なことだ。続きを読む
―人は自分1人だけで生きているわけではない―
などと書くとまるで道徳の話のようだが、生物に関する話だ。
人間の体は約60兆個の細胞からできている。
そして、更に人の体には100兆もの微生物が棲み付いている。
細胞一つの大きさは人のほうがはるかにでかいが
単純に数だけで見ると人の細胞よりも微生物の細胞の方が多いのである。
それゆえに、人の体を、人と微生物の共生体として見る事も出来る。
気持ち悪いと思うかもしれないが、これは大変大事なことだ。続きを読む













