2005年03月15日

アラインメント編集ツール

*バイオ業界の人で無いと分かりにくい話かも。
バイオインフォマティックス(生物情報工学)のツールの一つにClustalXというソフトがあります。
複数のDNAシークエンスを比較して違いを解析したりするツールで
最近は毎日のようにこのソフトを使っているのですが、操作性が悪くてストレスがたまるなぁと。

日本語名のフォルダにアクセスするとエラーが出るし
アラインメントの直接編集もプリントも出来ないしで結構不満があるわけです。

ネットを探してみたけれどいいツールを見つける事が出来なかったので
いっそアラインメント編集ツールを自分で作ってみようかと思い立ちました。
(フリーのいいツールをご存知の方おられたら教えて下さい) 
 
とりあえず必要最低限の機能をまずは目指すということで
・fasta形式のファイルをサポート
・アラインメントの直接編集機能
・配列の逆配列、相補配列への変換
・aln形式への変換、出力
・プリンターへの出力

この辺りの機能から目指してみよう。
GCGを参考にしつつ、Win専用で暇を見て作って行こうかな。

日本のバイオ技術者の先輩諸氏が
ツールをガンガン開発してくれたらいいのになあと他力本願に願ってみる。
へっぽこプログラマーなので難しいアルゴリズムに手を出したくないというのが本音ですが。
バイオ技術者が集まるポータルってどこかにないかな?


posted by 黒影 at 17:56 | Comment(3) | TrackBack(0) | バイオトピックス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
  1. アラインメントは作れませんがClustaXからALNファイルをインポートして操作できるGenDocちゅうソフトがあります。
    ポータルではないですが
    Research tools http://www.nih.go.jp/%7Ejun/research/index-j.html
    なんていかがでしょうか?
    研究頑張ってください
    ではでは
  2. Posted by 実験馬鹿 at 2005年03月15日 23:00
  3. yahoo!にbioinfomaticsのグループがあるのでそちらで質問してみるっていうのも手かもしれません
    http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/

    あとは
    http://www.kenkyuu.net/genetool-04.html
    を片っ端から試してみるとか
  4. Posted by ある大学院生 at 2005年03月16日 00:37
  5. >実験馬鹿さん
    いいサイトを教えて頂きありがとうございます。
    GenDocとSeaViewというソフトが良さそうな感じなので試してみようと思います。

    >ある大学院生さん
    どちらのページも既に知っていましたがコメントありがとうございます。
    Yahooのグループに投稿して見るというのもいい手ですね。
    上二つのソフトでもやりたい事がうまく出来ないようなら考えてみたいと思います。
  6. Posted by 黒影 at 2005年03月17日 00:58
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