NewsClips20070724

はてブクリッパーというスクリプトを作ったので、動作確認ついでにニュースクリップを投稿してみる。

はてなブックマーク - 黒影のブックマーク / 2007年07月24日
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アフリカから来た現生人類

最近のゲノムを元にした研究でほぼ完全に否定された感のある人類の多地域平行進化説だが、解剖学的な証拠もまた積みあがっていっているようだ。
Modern Humans Came Out of Africa, "Definitive" Study Says

We are solely children of Africawith no Neandertals or island-dwelling "hobbits" in our family tree, according to a new study.

Scientists who compared the skulls and DNA of human remains from around the world say their results point to modern humans (Homo sapiens) having a single origin in Africa.

私は遺伝子解析をやっていた事もあって、以前から単一起源で決まりだろと考えていたが、やはり研究範囲が広がっても他の人類の痕跡は見つからないか。この結論は現生人類が過去にネアンデルタール人あたりと混血児を儲けていた可能性を否定するものではないが、たとえしていたとしても、遺伝子の痕跡が歴史の波間に消え去る程度の規模だったという事だろう。


◆関連記事
幻影随想: 暗礁に乗り上げるヒトDNAデータベース構築計画

NewsClips20070723

はてなブックマーク - 黒影のブックマーク / 2007年07月23日続きを読む

文部省がディプロマミル撲滅に重い腰を上げた模様

ディプロマミル（もしくはディグリーミル）という言葉を耳にした事があるでしょうか？
ディプロマミルとは金で学位を売る『学位商法』と呼ばれる商売の事で、またこのような商売を行っている「大学の振りをした」組織を指す言葉でもあります。
端的に言ってしまえば一種の詐欺ですね。
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BioInformaticianを目指す人の為に〜３．バイオインフォマティクス業界の人余り問題を考える

もう3ヶ月以上前の話になりますが、日立製作所のライフサイエンス事業部が今年3月に解散され、バイオインフォマティクス業界に少なからぬ衝撃が走りました。
同時期には三井情報開発傘下のXanagenも解散しており、この二件のニュースはバイオインフォ業界の伸び悩みを象徴付けるものと業界では受け止められました。
出だしからして暗い話ですが、この上さらにバイオインフォ業界は、近い将来に必ず爆発する時限爆弾を抱えていたりもします。

＃といっても爆発の影響を受けるのは就職希望の学生ですが

バイオインフォマティクス系の学生さんには、将来に関わってくる問題なので、是非続きを読んでください。
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NewsClips20070720

はてなブックマーク - 黒影のブックマーク / 2007年07月20日

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人食いバクテリアの季節

夏休みを間近に控えてうきうきしている人に、本当にあった恐い話を一つ。
夏の海に潜む目に見えない殺し屋の話。
Texas man battles flesh-eating bacteria - Yahoo! News

HOUSTON - A Nacogdoches man was in critical but stable condition after three surgeries aimed at saving him from a flesh-eating bacteria that infected him during a swim off the coast of Galveston County.

Steve Gilpatrick, 58, was diagnosed with necrotizing fasciitis, a tissue-destroying disease caused by a bacterium called Vibrio vulnificus, when he took ill three days after swimming during a July 8 fishing trip at Crystal Beach.

Gilpatrick's physician, Dr. David Herndon, the chief of burn services and professor of surgery at the University of Texas Medical Branch in Galveston, said Tuesday the situation is life-threatening because the infection spread to Gilpatrick's blood. Gilpatrick is suffering from multiple organ failure and doctors are trying to save his leg.

テキサス州の男性が人食いバクテリアに感染
ガルベストン郡の海岸で海水浴中に人食いバクテリアに感染したナコドチェス市の男性は、彼の命を救うために行われた三度の手術によって依然危機的状況ながら安定な容体に落ち着いた。

58歳のスティーブ・ギルパトリック氏は、海水浴の三日後、クリスタルビーチでの釣り旅行中に、壊死性筋膜炎すなわちビブリオ・バルニフィカス（Vibrio vulnificus）と呼ばれる細菌が引き起こす組織破壊性疾患と診断された。
ギルパトリックの主治医、ガルヴェストン郡テキサス大学医学部外科の教授であり、火傷治療部門の部長であるデイビッド・ハーンドン博士は、火曜日に次のように述べた。「感染症がギルパトリック氏の血液にまで広がったため、状況は致命的です。ギルパトリック氏は現在多臓器不全で苦しんでおり、我々は何とか彼の足を保存しようとしています」

ビブリオ・バルニフィカスは夏場に活発に活動する海洋性細菌で、免疫系に問題を持つ人間に感染した場合、記事中にあるように壊死性筋膜炎や敗血症を起こしてかなりの確率で死亡する。仮に助かったとしても壊死した手足を切り落とす羽目になったり、深刻な後遺症が残ったりとかなり危険な病原菌だ。

もっとも危険な細菌が生息しているのは主にメキシコ湾岸部なので、日本ではそれほど神経質になる必要は無いし、免疫系の弱い人や肝機能障害を持つ人でなければここまでひどい症状になることも無い。
感染を避けるためには、
・不衛生な海で泳がない
・怪我をしたときは傷口を海水に浸けない
・体調が悪いときは海に入る事を控える
などの点に注意する必要がある。
海に行く方はご注意を。

ビブリオ・バルニフィカス感染症について

次世代宇宙服バイオスーツ

今日になってあちこちのニュースが取り上げている新型宇宙服の話。
まるでSFの挿絵に出てくる宇宙服そのもので、実にスマートだ。
ガンダムのノーマルスーツもどきといった方が分かりやすいか。
Technobahn ニュース : 体操着？　いえ最新の宇宙服です

【Technobahn 2007/7/18 15:43】レオタードのような体操着を着ているのはマサチューセッツ工科大学の宇宙工学（Astronautics）担当のDava Newman教授。実はこの服はNewman教授が新たに開発を行った「Biosuit」と呼ぶ新型の宇宙服となる。

　 Newman教授を中心とする研究グループはMechanical Counter Pressure方式という新しい与圧方式を採用することにより、これまで分厚く、宇宙飛行士の行動に制約を付けてきた宇宙服の軽量、柔軟化に成功した。

この新しいタイプの宇宙服はバイオスーツと呼ぶらしい。
NewScientistの記事から写真を紹介。
Future spacesuits to act like a second skin - space - 17 July 2007 - New Scientist Space

MITに行ってみたらYouTubeでNASA製作のビデオを公開しているようなので、こっちもリンクしておこう。
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HAARPと気象兵器

少し前のニュースだが、米軍の秘密施設HAARPが完成した。
現地のGoogleMapの衛星写真が黒く塗りつぶされていたり、何の研究をやっているのかいまいち掴めないこともあって陰謀論者の格好のネタとなっている。
・Technobahn ニュース : 人には見せられない世界最大規模の科学実験施設
・>WIRED VISION / 米国防総省の「謎の新施設」、HAARPが完成
軍事施設というのは確かなのだろうが、
普通に見て戦時下の通信妨害がターゲットだと思うんだが。
なんで心理兵器だの気象兵器だのと言われるのかいまいちよく分からん。

どうでもいいが、Googleで「HAARP 気象兵器」を検索したときに真っ先に出てくるのがオウム真理教の宣伝サイトで吹きだした。

＜7/21追記＞
コメント欄でやまきさんが教えてくれたのですが、この度Googleで「HAARP 気象兵器」を検索したときにTOPに出るサイトが、めでたく当ブログになりました。
従ってオウムの宣伝サイトは一つ下の順位となりました。
Googleの仕事の速さは大したものです。

氷漬けのマンモスから遺伝子解読を試みる

週末のニュースを忘れぬうちに取り上げておく。
非常に保存状態が良かったようなので、今度こそマンモスの遺伝子解読が可能になるかもしれない。
Yahoo!ニュース - ロイター - マンモスの赤ちゃん、遺伝子情報の解読に道開く

　［モスクワ　１１日　ロイター］　ロシアの研究者は１１日、永久凍土から凍ったまま発見された生後約半年の雌のマンモスについて、氷河期に絶滅した同種の遺伝子情報解読に絶好の機会になるとの見方を示した。
　ロシア科学アカデミー動物学研究所のアレクセイ・チホノフ副所長は、ロイターの電話取材に対し、このマンモスの保存状態が完璧だったと説明。組織検体を調べることで、マンモスの最終的な遺伝子情報の解読につながる可能性があると語った。
　このマンモスは、ことし５月に同国ヤマル半島でトナカイの飼育者が発見。発見者の妻の名前を取って「リューバ」と名付けられた。
　「リューバ」は体重５０キロ、体高８５センチ、全長１３０センチと、大型犬とほぼ同じサイズ。チホノフ副所長によると、最長で４万年にわたって永久凍土の中で保存されていたという。

吉村医院関係者降臨の巻

「無知な愛は狂気にも似ている」の続きの話。
なんかコメント欄に色々寄って来ていて非常に香ばしい事になっている。

たけまつ氏ご本人降臨で一時ヒートアップしていたのはまあいいのだが、
吉村医師擁護の助産師さんがさらに降臨してかなり痛いことを書き散らしている。
この助産師さんは書いているものを読む限り、どうも吉村医院の関係者らしい。続きを読む

中国産食品問題でNYTの酷い中国擁護記事を見た

最近流行の中国産食品問題。
Yahooにも「中国産食品・薬品の安全性」トピックスが立っているので、毎日ニュースを追いながら唖然としていたのだが、昨日NYTがあまりに酷い擁護記事を出してきたので別の意味で呆然とした。

China Not Sole Source of Dubious Food - New York Times
時事通信が要約を出しているので、英語がダメな人はこちらからどうぞ。
Yahoo!ニュース - 時事通信 - 汚染食品、中国産に限らず＝世界各地から続々−米当局調査

　【ニューヨーク12日時事】中国産食品の安全性について世界的に不安が強まる中、12日付のニューヨーク・タイムズ（電子版）は、2006年に禁止薬剤の検出などで米国への食品輸入が差し止められた回数は、中国産よりもドミニカ共和国やデンマーク産の方が多かったと報じた。汚染食品のグローバル化は明らかで、消費者は常に危険にさらされていると言えそうだ。
　食品医薬品局（FDA）は先月、米国で養殖魚への投与を禁じている抗菌剤が使用されているとして、中国産の養殖ウナギ、ナマズ、エビなどの輸入規制を決めた。しかし、同紙によると、FDAの統計では、昨年中の中国産魚介類の輸入差し止めは計391回で、ドミニカ共和国産食品の817回、デンマーク産キャンディーの520回を下回った。
　このほか、サルモネラ菌に汚染されたインド産香辛料や、食用にできないほど不潔なメキシコ産のカニ肉、唐辛子なども見つかったという。元FDA職員は同紙に対して「（汚染食品は）一国の問題ではない。まさに地球規模に拡大している」と話している。

時事の記者はちゃんと元記事読むように。
NYT記者の言葉のトリックにあっさり引っ掛けられやがって。
まあある意味NYTの言いたい事はうまくまとまっているわけだが。
昔から中国シンパで有名なNYTだが、ここまで酷い記事は久しぶりに見た。
以下解説。
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ネズミが増えて困るなら、食べてしまえばいいじゃない

先日取り上げた中国の20億匹ネズミ大行進の続き。
前のエントリでも言ったように、この圧倒的な数を前にしては百万や二百万駆除したところでどうにもならない。一応不完全にしろ防壁で囲い込んである程度被害を抑えることには成功したみたいだが、近いうちにまたエサを求めて大移動を始めると見られており、現地の人間は戦々恐々としている。
それにしても、こんなときにもニセモノ商売とはあきれるべきか笑うべきか。
＜続報＞ネズミ20億匹との“戦争”続く、数百万匹駆除も焼け石に水―湖南省洞庭湖沿岸：レコードチャイナ
＜続報＞洞庭湖のネズミ、ニセ殺鼠剤にも警戒！中旬に再び大移動か？―中国：レコードチャイナ

先日来お伝えしている洞庭湖のネズミ被害について、2007年7月12日人民網の報道によると、農業部は今月中旬に再び大移動する可能性が高まったとして警戒を呼びかけている。同地区のネズミ発生数を観測した結果、この20年で最も密度が高くなっていることが分かったという。

今年は3年ぶりに洞庭湖の水位が大幅に上昇し、中州が水没。住みかを失った無数のネズミが堤防沿いに移動を始め、農地に被害をもたらしている。そこで同部は堤防の周りに溝を掘り、壁を巡らせてネズミを誘導し、集中捕獲するよう指導している。

同部はネズミ撲滅のために1000万元（約1億6000万円）を拠出、専門家による対策チームを組織し、現地の指導に当たっている。また現地政府も緊急支援として殺鼠剤や毒餌を購入し、死骸の処理も行う。

今回の緊急事態に便乗する形で、ニセの殺鼠剤や粗悪品が出回る可能性が出てきたとして、同部は殺鼠剤市場に対しても管理監督を強化しているという。（翻訳・編集/WF）

一方中国のネット界隈では「ネズミが増えて困るなら食べてしまえばいい」という意見が出され、物議を醸している。
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あなたの余命はあと何年？

前エントリで取り上げた「死の確率計算」をネタに、しばらく前にTKさんが面白い物を作ってくれたので紹介してみる。
＃ちょうど忙しい時期だったので前エントリを書くまですっかり忘れていたというのはここだけの秘密だ。
長生き確率表：ＸＸ歳になるまで生きる確率
自分の現在の年齢を入力すると、XXまで生きる確率○○％という早見表を作成して表示してくれるPHPのプログラムだ。
少し前に26になった私だと、75歳まで生きる確率が70％、80歳なら56％、90歳なら20％といった具合らしい。
大病を患わなければ80くらいまでは生きられそうだな。

無知な愛は狂気にも似ている

NATROMさんが最近書いたエントリが結構注目を集めている
NATROMの日記：[医学][トンデモ]信仰と狂気〜吉村医院での幸せなお産

別にオーガニックライフに拘ろうが自然分娩に拘ろうが個人の自由だが、書いている内容には軽く電波が入っている。赤ん坊が死んでもなおその姿勢が変わらないのはある意味立派だが、私もNATROMさんと同じく読んだときに背筋を冷たいものが通り過ぎた。
無知な愛は狂気にも似ている。


ついでに、乳幼児突然死症候群（SIDS）の発生確率は大体5000人に1人くらいらしい。
幻影随想: 死の確率計算


＜7/13追記＞
リンク先のコメント欄に本人登場。
読んでいるとちゃぶ台をひっくり返したくなる。

地球外生命体は想像以上に奇妙な生き物かもしれない

ナショナルジオグラフィックから。
地球外生命体は、人の想像の範疇を超えて奇妙な生態をしているかも知れない。
Alien Life May Be "Weirder" Than Scientists Think, Report Says

Think life on Earth is weird? It might be even weirder on distant planets and moons, according to a new report.

Instead of thriving on water, extraterrestrial organisms might live in a sea of liquid methane. Or instead of getting energy from the sun, they might thrive on hydrochloric acid.

ソレは水の代わりに液体メタンの海に棲んでいるかもしれない。
太陽の代わりに塩酸からエネルギーを得ているかもしれない。
人が知っている生命の生息条件はあくまでも地球上のそれに限られたものであり、まったく違う系統の生命にはそれが当てはまらない可能性がある。

そんなわけで米国科学アカデミーは7月6日に、「宇宙の有機生命の限界」と題したレポートを公表した。
The National Academies | News | Limits of Organic Life in the Universe

レポートの目的は

・What can be authoritatively said today about limits of life in the cosmos?
・What Earth-based research must be done to explore those limits so that NASA missions would be able to
recognize, conserve, and study alien life that is encountered?

ということで、現在の知識から考えられる宇宙の生命の限界と、NASAの活動でそういった生命に出くわした場合どうやって認識・保存・研究すればいいのかを考えるというもの。

25ドル払えば本の形で購入も出来るけど、無料のフルテキストやサマリーが出ているので、私達はこちらを読もう。
サマリーといってもpdfで21ページもあるので読み応えは十分だ。（フルテキストは116ページ）
・The Limits of Organic Life in Planetary Systems（フルテキスト）
・The Limits of Organic Life in Planetary Systems（サマリー）


人が知っている地球上の生物だけでも、その生息可能範囲は300気圧を超える深海から0.1気圧以下の空気の薄い世界まで、-50℃のブリザードが吹き荒れる中や-10℃の海中から120℃を超える熱泉の中、高度100キロの高層大気中から地下10キロの地中に至るまで、砂漠だろうが、無人島だろうが地球上には様々な生物が生息している。

情報が無かった昔とは違い、生命を構成する有機物が他星系や宇宙空間にすらごくありふれたものだと分かった今「生命が成立しうる条件」はかなり広範囲に渡ると考えられている。
いずれ暇を見てきちんとこのレポートを読んで紹介してみたいね。

高さ70cmのお化けキノコ、マクロサイブ・タイタンズ

写真を見たが、こりゃ確かにすごいわ。
Yahoo!ニュース - 時事通信 - 【こぼれ話】重さ20キロ超える巨大キノコ発見＝メキシコ

【トゥストラグティエレス（メキシコ）10日AFP＝時事】メキシコの最南部のチアパス州でこのほど、重さが20キロ以上もある巨大なキノコが発見された。
　この白いキノコはマクロサイブ・タイタンズと呼ばれるもので、高さは70センチ。グアテマラとの国境に近い同州のタパチュラの森林の中で見つかった。

学名"Macrocybe titans"という巨人の名を冠するこのキノコ。
それでも普通は精々30〜40cm程度らしいのだが、今回見つかったのはさらにキングサイズだったようだ。
写真を見るとまるで傘みたいに見える。
これは間違いなくギネス級だね。

Mexican mega-mushroom a savoury stunner - ABC News (Australian Broadcasting Corporation)

干からびても水をやれば生き返る植物を作る？

以前チラッと言及していたネタが、とうとう実用化に向けて一歩前進したらしい。
めでたいことだ。
幻影随想: 植物の乾燥耐性遺伝子の実用化

また、生物の乾燥耐性機構としては他に、体内に多量の多糖類を貯えることで生体分子を保護する方法もある。
多糖によって細胞を乾燥から保護する生物は多く、ある種のユスリカの幼虫など、完全に乾燥し、ミイラ化した状態からでも水を与えれば再びよみがえるほどだ。

Yahoo!ニュース - 読売新聞 - 乾燥に強い作物に期待、保湿効果糖類を取り込む遺伝子発見

保湿効果などで注目される糖類「トレハロース」を細胞内に取り込む遺伝子を、農業生物資源研究所（茨城県つくば市）の黄川田（きかわだ）隆洋・主任研究員らが、世界で初めて発見した。

　トレハロースは細胞を乾燥から守る働きがあり、見つかった遺伝子を組み込むことで、切り花の花持ちをよくしたり乾燥に強い作物を作り出したりすることができると期待される。

　トレハロースは人間など哺乳（ほにゅう）類は合成できないが、昆虫やキノコ、酵母など幅広い生物が合成して利用している。例えばネムリユスリカという昆虫は、乾燥した状態になってもトレハロースの働きで生き延びることができる。

というわけで農業生物資源研究所のプレスリリースとPNASの論文をゲット。
農業生物資源研究所 - プレスリリース - 生物の極限耐性のメカニズムに重要な役割を担う遺伝子の単離に世界で初めて成功
農業生物資源研究所 - プレスリリース - 生物の極限耐性のメカニズムに重要な役割を担う遺伝子の単離に世界で初めて成功

Trehalose transporter 1, a facilitated and high-capacity trehalose transporter, allows exogenous trehalose uptake into cells -- Kikawada et al., 10.1073/pnas.0702538104 -- Proceedings of the National Academy of Sciences

やはり次はメダカなりシロイヌナズナなりにこの遺伝子を導入してクリプトビオシス（乾燥仮死）状態を取れるかどうか試すのだろうか。
最終的には作物の乾燥耐性に利用する方向に持っていくのだろうけれど、観葉植物のGMを作ったら、ずぼらで水遣りを忘れるタイプの人にいいかも知れない。

植物の光合成効率を上げてやる

随分前から理論的な研究はされていたけど、実用化に成功したんだ。
Yahoo!ニュース - フジサンケイ　ビジネスアイ - 日大、光合成を３割増強する手法開発　バイオエネ応用期待

　日本大学生物資源科学部（神奈川県藤沢市）の奥（おく）忠武教授らは９日、植物の光合成の能力を３割増強し、植物を大きく育てられる手法の開発に成功したと発表した。植物を効率よく栽培できるため、バイオマス（生物資源）エネルギーや食糧の増産、栄養分の高い作物の生産への応用が期待でき、二酸化炭素の吸収量拡大で地球温暖化の防止にもつながる。奥教授らは、“人工光合成”である太陽電池への応用などの可能性も期待できるとみている。

開発元は日本大学生物資源科学部の奥忠武教授のチーム。
研究室のHPはこちら＞生物有機化学研究室

　奥教授らは、陸上植物が進化の過程で失った電子伝達分子「シトクロム」に着目。現在の植物は太陽光からＡＴＰを作る際、植物に残っている電子伝達物質「プラストシアニン」しか利用していない。下等植物の「すしのり」が持つシトクロムの遺伝子をシロイヌナズナに導入して電子伝達分子を２種類にすると、通常のものより背丈、重量、葉の面積、根の長さなどが３割程度増えた。光合成の明反応能力を示すＡＴＰの量も約２倍になった。

光合成効率が上がると植物の成長効率が上がり大型化するようだ。
作物の増収や弱光下の成長も可能となるかもな。
GMOへの応用にはまだしばらくかかりそうだが、いずれこの手のBoosted PlantsがGMOの主流になるのかな？

中国南部の大洪水と20億匹ネズミ大行進

日本でもここ数日かなりの雨が降ってるが、お隣さんでは桁が違う。
小規模の国家が一つ丸々飲み込まれるほどの規模で大洪水が起こっているらしい。
＜続報＞わずか1日で被災者1千万人増、豪雨・洪水被害の拡大続く―中国南部：レコードチャイナ

2007年7月9日、中国南部では激しい雨と洪水が続いている。民政部が発表した9日午後4時時点での統計によると、被災者数は7省市の2783万人と前日から1000万人もの大幅な増加を記録した。101人が死亡、26人が行方不明となった。78万人が避難している。

農地も213万haが被害を受けた。前日と比べ、被災面積は80万ha以上も急増している。収穫が絶望視される面積は35万haと前日の倍以上にまで急増した。直接的な損失額は69億元（約1100億円）と推定されている。

被災者3000万人弱って最初何かの冗談かと思ったよ。
今日のニュースではさらに人数が増えていた。
時事ドットコム：死者１００人超える＝中国南部などの豪雨

【北京１０日ＡＦＰ＝時事】中国南部各地などを襲った豪雨による死者は１０日までに、１００人を超えた。英字紙チャイナ・デーリーなどが伝えた。（写真は、雨天で傘を差す中国・成都の市民）
　豪雨により、江蘇、安徽、河南、湖北、四川、陝西の各省と重慶市で洪水が発生。これまでに１０１人が死亡したほか、２６人が行方不明になった。避難した住民は８０万人以上、破壊された家屋は２９万５０００戸以上に達している。
　洪水で何らかの影響を受けた人は２８００万人。直接の経済損失は６９億元（約１１００億円）に上る可能性がある。雨は今後３日間、降り続けるとみられる。雲南、貴州の両省でも降雨が予想されている。

Yahoo!ニュース - サーチナ・中国情報局 - 【中国】中国豪雨で131人死亡＝3582万人被災

　中国淮河流域、四川省東部、陝西省南西部で28日始まった豪雨で、山崩れや土石流などの土砂災害が相次ぎ発生、中国民政部によると、10日午後5時現在、3582万人が被災し、うち131人が死亡、31人が行方不明になった。被災地は四川、重慶、湖北、陝西、河南など7つの省と直轄市。家屋の倒損壊は50万世帯、農業など被災額は99億元に上った。10日付中国新聞社電が報じた。(編集担当：井上雄介）

雨は後３日振り続けるそうだ。大丈夫かね？続きを読む